İlhan Başgöz hoca hakkında yazarken iki üniversitenin tutarsızlığından bahsetmiştim. Elbette tutarsızlık sadece bahsi geçen iki üniversiteyle sınırlı değil. Genelinin durumu böyle. Ne yazık ki bizdeki üniversitelerin sorunu sadece tutarsızlık da değil. Özellikle bu iktidar döneminde üniversiteler sadece niteliklerini değil kimliklerini de yitirdiler. Ülkede sürekli yeni üniversiteler, fakülteler ve bölümler açılıyor ama çoğu binadan ibaret. Memurlaştırılan akademisyenler düşüncelerini açıklamaktan korkar hale gelmiş. Oysa üniversitenin en önemli özelliği her türlü düşüncenin özgürce tartışıldığı ve farklılıkların bir arada bulunduğu kozmopolit mekanlar olmasıdır. En azından Batı'da bu iddiayla ortaya çıkmıştır. 

Üniversite terimi çoğunlukla “evren” anlamına gelen “universe” kelimesiyle ilişkilendirilmektedir. “Universe” ve “city” (kent-şehir) kelimelerinin birleşmesinden oluştuğu şeklindeki yanlış bir bilgiden dolayı üniversite yerine Türkçe “evrenkent”  adı dahi önerilmiş. Gerçi “kent” de Türkçe değil, Soğutça (Soğdca). Şehir desen o da Farsça. Yanlış bir etimolojik bilgiye dayanarak,  öz Türkçeleştirme gibi başka bir yanlış üzerinden çeviri yapılmaya çalışılmış. Neyse bunu ayrı bir yazı konusu olarak bırakıp konumuza dönelim. Üniversite, belirli bir konu veya amaç doğrultusunda bir araya gelen insan topluluğu veya birliği anlamındaki Latince “universitas” teriminden gelmektedir. Dolayısıyla üniversite, öğretmenler ve öğrenciler topluluğunu ima eden “universitas magistrorum et scholarium”  ifadesinin kısaltılmış halidir. Yani evrenle, kentle, şehirle bir alakası yok. Aynı zamanda bizde son yıllarda devlet veya şahıslarca (çoğu müteahhit) açılan ve tabelasında üniversite yazan binalarla da bir alakası yok. Çünkü buralarda bırakın bilgiyi ve ifade özgürlüğünü; öğrencinin ve akademisyenin de bir kıymeti harbiyesi yok. 

Her ne kadar üniversitelerin kökeni Platon Akademisi'ne dayandırılsa da, günümüzdeki üniversitelerin ilk örneği Bologna Üniversitesi'dir. Bologna Üniversitesi 1088 yılında adını aldığı İtalya'nın Bologna şehrinde kurulmuştur. Daha sonra 1096'da (kimi yerlerde 1167 deniyor) Oxford, 1150'de Paris ve 1209 Cambridge üniversiteleri kuruluyor. Osmanlı Devleti'nde ise ilk üniversite “Darülfünûn” adıyla 1846 yılında İstanbul'da kurulmuştur. Darülfünûn 1933 yılında İstanbul Üniversitesi'ne dönüştürüldü. Ancak İstanbul Üniversitesi'nin kuruluş tarihi 1453 olarak açıklanmaktadır. 1453 yılında Fatih Sultan Mehmet tarafından kurdurtulan Medâris-i Semâniye ve Fatih Darüşşifası'nın İstanbul Üniversitesi'nin temeli olduğu iddia edilmektedir. Ancak bu, tıpkı üniversite teriminin etimolojisinde olduğu gibi yanlış bir bilgiden kaynaklanmaktadır. Bu yanlış bakış açısına göre medreseler günümüz üniversitelerinin İslam dünyasındaki karşılıklarıdır.
Oysa medreselerin üniversitelerle uzaktan yakından bir ilişkisi veya benzerliği yoktur. Bazı medreselerde her ne kadar matematik, astronomi vb. dersler verilmiş olsa da, medreselerin asli işlevi en üst düzeyde din alimi yetiştirmektir. Yani eğitimin merkezinde din vardır. Bu nedenle medreselere illaki bir denklik bulunacaksa bu ancak manastırlar olabilir. Medreseler Müslüman din adamı (kadın yoktur çünkü) yetiştirirken, manastırlar da Hıristiyan ruhbanları yetiştirmektedir.
Medrese ve manastır gibi dinsel eğitim verilen kurumların üniversitelerle farklılığı sadece ders içeriğiyle sınırlı değil. Üniversiteler tam da bilginin üzerindeki dinsel hegemonyaya karşı yükselen bir itirazın ve başkaldırının sonucu ortaya çıkmışlardır. Bu nedenle dinsel eğitim kurumlarıyla üniversiteler arasındaki asıl farklılık ontolojik ve epistemolojiktir. Her iki kurumdaki bilginin niteliği, kaynağı, kapsamı ve aktarımı taban tabana zıttır.
Üniversitelerde üretilen akademik bilgi tez, antitez ve sentez olarak formüle edilen çatışmaya dayalıdır. Fikirler çatıştıkça yeni bilgiler ve yeni sorular ortaya çıkar. Bu nedenle akademisyen yeni sorular sormak için sürekli şüpheci olmalıdır, itiraz etmelidir. Oysa medrese müderrisleri ve manastır ruhbanları koşulsuz iman ve itaat için eğitim verirler, daha doğru bir ifadeyle terbiye ederler. Şüphe duymaları yasaktır ve şüphe en büyük günahlardandır. Dinsel eğitim kurumlarında sadece tanrıya değil, saygı düsturuyla üstlerine ve her türlü erke karşı da suskun kalmaları öğretilir. Buralarda terbiye edilen talebelere suskunluğun ve boyun eğişin edep ve erdem olduğu belletilir. Yunus'un, şeyhi Taptuk Emre'nin dergahına yıllarca (40 yıl olduğu rivayet edilir) sadece düz odun getirmesi bir erdem olarak yüceltilmeye devam edilmektedir. Bu zihniyette hocaya, şeyhe, müderrise yani bilgiyi verene yönelik abartılı bir saygı vardır. Bunun en somut örneği “bir harf öğretene kırk yıl köle olmak” ifadesidir. Dolayısıyla bilgi; yenilik, değişim ve dönüşüm yapmak ve yeni sorular sormak için değil, mutlak itaatin bir aracı olarak kullanılmaktadır.

Üniversitede derslerin tartışmalı geçmesi esasken, dinsel eğitim kurumlarında bilgiyi aktaranı dinlemek esastır. Üniversitelerde bilgiyi sadece doğrulamak, ispat etmek değil çürütmek/yanlışlamak da söz konusuyken; dinsel eğitim kurumlarında ezberletilen bilgileri bırakın çürütmeyi, en ufak bir itiraz bile zındıklık yani sapkınlık olarak kabul edilmektedir. Üniversite öğrencilerinden okuduklarını kritik (eleştiri) etmeleri beklenirken, medrese talebelerinden ezberlemeleri için kıraat (ezbere dayalı ritmik okuma) etmeleri beklenir. Kritiğin olduğu yerde özgür düşünce ve bilim filizlenir, kıraatin  olduğu yerde ise dogma.

İktidarın bilgi üzerindeki hegemonyasına karşı çıkışın bir sonucu olarak üniversite var olabilmiştir.  İktidar ideolojisi üniversitelerin tarih sahnesine çıktığı orta çağda dinden beslenmekteydi, hatta çoğunlukla dinin kendisi doğrudan bir ideolojiydi. Eğitimden hukuka kadar bütün kurumlar kutsal kitaplar temel alınarak örgütlenmekteydi. Doğal olarak ilk üniversiteler de bilgi üzerinde hegemonya kuran dinsel otoritelerle çatışma yaşamıştır. Bu çatışmanın etkileri günümüzde dahi görülmektedir. Ancak bu çatışmadan yola çıkarak, üniversitelerin sadece dinsel hegemonyaya karşı olduğu anlamı çıkartılmamalıdır. İdeal bir üniversite bilgiyi kontrol etmek ve baskılamak isteyen her türlü hegemonyaya karşıdır. Günümüzde bilgi üzerinde hegemonya kurmak isteyenler sadece dinsel otoriteler değildir. Seküler otoriteler de bilgiye hükmetmek istemektedirler. Dolayısıyla üniversiteler dinin kendisine veya başka bir olguya değil, hegemonyaya karşı olan kurumlardır. Çünkü asli amacı bilgi aktarmaktan ziyade bilgiyi üretmek olan üniversiteler bunu ancak iktidar (dinsel veya seküler) baskısından uzak kalarak gerçekleştirebilirler. Bu nedenle sürekli olarak özerk üniversite vurgusu yapılmaktadır.